長井ゼミでは、中２生から高２生までは、各学年学力別にクラス編成をしています。英語・数学は年５回（他教科は随時）の定期試験により、学力別にクラス再編成を実施して、生徒にあった授業内容を提供しています。大学受験という間近な目標のない非受験学年に対して、競争により緊張感を持続させ、どんどん勉強意欲を高めていきます。
また、中２生から高２生まで、すべてのクラスが同一曜日・同一時間帯で編成されているので、試験によるクラスの入れ替えがスムーズに行えます。時には、クラスが下がってしまう生徒もいますが、担任の講師が勉強面でも精神面でもしっかりと指導し、返り咲きを図ります。
高３・卒生は、志望校別にクラス編成をしていきます。主要教科で最大16種類のクラス編成を用意しますので、難関・医系から、標準的な大学受験対策まで、受験生のニーズに応じた幅広い対応が可能です。最上位のクラスは，厳しい選抜テストに合格した少数の生徒のみで編成しますので、難関・医系を目指す県内トップレベルの生徒が集まり、またゼミの講義を通じて成績を向上させています。さらに、復習試験で理解度を確認するとともに、結果をもとに受講クラスのアドバイスをしていきます。
